Khu vực check-in tại Cảng Hàng không Quốc tế Phú Quốc được bố trí khoa học, rộng rãi và thuận tiện, đáp ứng hiệu quả nhu cầu làm thủ tục của hành khách. Tại đây, cảng cung cấp đầy đủ các quầy check-in truyền thống của các hãng hàng không, với đội ngũ nhân viên chuyên nghiệp, giàu kinh nghiệm, luôn sẵn sàng hỗ trợ và hướng dẫn hành khách trong suốt quá trình làm thủ tục.

Bên cạnh đó, Cảng Hàng không Quốc tế Phú Quốc còn trang bị hệ thống kiosk check-in tự động hiện đại, cho phép hành khách chủ động thực hiện thủ tục nhanh chóng, chính xác. Các kiosk này góp phần giảm tải cho quầy check-in truyền thống, rút ngắn thời gian chờ đợi, đặc biệt trong các khung giờ cao điểm. Sự kết hợp hài hòa giữa hình thức check-in truyền thống và tự động giúp hành trình của hành khách trở nên thuận tiện, linh hoạt và hiệu quả hơn ngay từ những bước đầu tiên tại sân bay.